Aquarion Evol – 12.000 tahun setelah peristiwa di Genesis Aquarion, manusia hidup di bintang Vega di bawah ancaman makhluk trans-dimensional yang disebut Penculik. Musuh-musuh ini berasal dari saudara perempuan Vega, Altair, dan menyerang Vega demi nyawa manusia. Sebagai tindakan balasan, sebuah organisasi yang dikenal sebagai Neo-DEAVA dibentuk untuk memerangi para Penculik. Mereka mengemudikan pakaian mecha canggih yang disebut Aquaria dan dipisahkan secara ketat berdasarkan jenis kelamin. Anak laki-laki dan perempuan tidak diperbolehkan menghubungi; mereka bahkan dilarang bertarung di medan perang yang sama. Namun, peristiwa berubah mengejutkan ketika setelan mecha penculik canggih bergabung dalam keributan. Dua remaja, Mikono dan Amata, terseret dalam konflik tersebut. Tanpa disadari, Amata melakukan tabu saat memanggil Aquaria dan menginisialisasi apa yang disebut Persatuan Terlarang antara Aquaria pria dan wanita. Neo-DEAVA terkejut, dan dampak dari tindakan Amata jauh lebih jauh dari yang dia sadari. Bagaimana dia bisa memanggil Aquaria? Di mana dia belajar membentuk Serikat Terlarang? Dan mengapa Mikono juga bisa mengemudikan setelan mecha?