Setelah Makoto Naegi dan rekan-rekannya yang selamat melarikan diri dari Hope’s Peak Academy ke dunia luar, mereka segera bergabung dengan Future Foundation, sebuah organisasi yang didedikasikan untuk memerangi keputusasaan. Ketika semua tampaknya melihat ke atas, Naegi ditangkap dan diadili karena pengkhianatan karena membela kelompok jahat Sisa Keputusasaan. Berdiri di hadapan semua eksekutif Future Foundation, ia mendapati dirinya, bersama dengan Kyouko Kirigiri dan Aoi Asahina, menghadapi nasib yang tidak diketahui. Masalah yang ada hanya meningkat ketika keamanan yang diduga tak tertembus organisasi diretas oleh wajah orang asing: Monokuma. Banyak yang membuat Naegi ngeri, beruang mekanik itu segera mengumumkan permulaan permainan pembunuhan baru, karena beberapa saat kemudian, korban pertama muncul sebagai sinyal keputusasaan untuk melanjutkan penaklukan brutalnya. Di akhir kisah mencengkeram harapan dan keputusasaan Danganronpa, Naegi , Siswa Beruntung Tingkat Sekolah Super Tinggi, sekali lagi harus mengungkap misteri ketika rekan-rekan dan teman-temannya mulai jatuh di sekelilingnya. Namun, tidak ada lagi uji coba kelas; di antara 16 peserta yang putus asa, hanya ada satu pembunuh — dan kematian mereka berarti akhir dari permainan neraka ini. [Ditulis oleh Animasu Menulis Ulang]