Di bawah naungan kegelapan, seorang samurai bertopeng membunuh enam pria di seluruh kota metropolitan Jepang: tiga di Tokyo, satu di Osaka, dan yang terakhir di Kyoto. Dalam penyelidikan mereka, polisi mengetahui bahwa masing-masing orang adalah anggota Genjibotaru — gerombolan pencuri yang berpusat pada pencurian patung dan artefak Buddha dan yang menggunakan nama pelayan Minomoto no Yoshitune. Tanpa motif atau petunjuk yang jelas tentang identitas anggota lain, kasus ini menjadi kering sampai sebuah kuil di Kyoto memanggil Kogorou Mouri yang terkenal. Setelah menerima surat anonim yang berisi teka-teki aneh, para biksu kuil meminta bantuannya dalam menyelesaikannya untuk memulihkan patung mereka yang telah lama hilang. Sementara itu, Conan Edogawa dan detektif sekolah menengah Heiji Hattori bekerja sama untuk memecahkan teka-teki rahasia dan menemukan pembunuhnya, ketika Hattori mencari cinta masa kecilnya. Dengan pengetahuan Hattori tentang Kyoto, keduanya menjelajahi jalan-jalan dan secara bertahap menemukan kebenaran, tetapi tidak sebelum si pembunuh menyerang lagi — membunuh anggota Genjibotaru lainnya, dan, setelah upaya berulang-ulang pada kehidupan Hattori, akhirnya menculik kekasih Hattori di masa kecil. Hanya dengan bekerja sama untuk membawa petunjuk terkubur ke cahaya, Conan dan Hattori berharap untuk mengakhiri pertumpahan darah samurai jahat dan menyelamatkan cinta Hattori. [Ditulis oleh Animasu Menulis Ulang]