Detektif Conan – Lima belas tahun yang lalu di hamparan tandus Pasifik, sebuah kapal pesiar bertabrakan dengan gunung es dan hilang di laut. Lebih dari satu dekade kemudian, Hideto Yashiro — seorang insinyur kapal — meninggal dalam kecelakaan mobil yang fatal. Hubungan yang tidak mungkin antara peristiwa-peristiwa ini hanya terungkap pada kapal mewah St. Aphrodite selama perjalanan perdananya. Naik ke kapal itu pada liburan yang sangat dibutuhkan, Kogorou Mouri, putrinya Ran, Conan Edogawa, dan Detective Boys menikmati perjalanan yang disediakan oleh Sonoko Keluarga Suzuki. Tapi kesenangan mereka segera terpotong ketika permainan petak umpet menyebabkan hilangnya Sonoko. Beberapa waktu kemudian, CEO kelompok Yashiro, yang membangun St. Aphrodite, ditemukan ditikam hingga mati dan ayahnya hilang. Sementara penyelidikan polisi menemui jalan buntu, Conan mendekati pelaku. Tidak ingin ditangkap, pelakunya mengancam akan meledakkan St. Aphrodite dan menenggelamkan semua penumpangnya. Ketika lambung kapal dengan cepat terisi dengan air, kebenaran di balik pembunuhan dendam akhirnya terungkap. Tanpa tempat untuk melarikan diri, Conan dan Kogorou harus bergulat dengan pelakunya yang sulit dipahami sebelum semua orang di kapal diseret ke dasar laut. [Ditulis oleh Animasu Menulis Ulang]