Fuuma no Kojirou: Yasha-hen – Hakuo Gakuin berada di ambang penutupan karena siswa pindah ke sekolah saingan Seishikan setelah cedera misterius terjadi pada siswa yang menolak untuk pindah. Untuk melindungi sekolah dan murid-muridnya, mereka menyewa Kojiro, seorang anggota klan ninja Fuma. Setelah mengetahui bahwa Seishikan telah meminta bantuan dari klan ninja Yasha, yang telah bersaing dengan Fuma selama beberapa generasi, Kojiro mendapatkan bantuan dari sesama ninja Fuma. Meskipun mereka disewa untuk melindungi sekolah, dua klan saingan bersumpah untuk menghancurkan satu sama lain sekali dan untuk semua sehingga hanya satu klan yang tersisa.