Grisaia no Rakuen dimulai tepat di akhir angsuran sebelumnya, Grisaia no Meikyuu. Kazami Yuuji ditangkap karena dicurigai melakukan terorisme. Sebuah video yang menunjukkan bukti nyata bahwa Yuuji melakukan tindakan-tindakan ini, dan dia ditahan oleh Ichigaya. Ichigaya tahu betul bahwa Yuuji tidak melakukan kejahatan yang dituduhkan kepadanya. Tetapi dia gagal membunuh Heath Oslo, yang merupakan pemimpin organisasi teroris dengan senjata yang sangat menghancurkan yang mereka miliki. Faktanya, Ichigaya punya rencana sendiri untuk Yuuji … Tapi semua mungkin tidak akan hilang untuk Yuuji. Gadis-gadis di Akademi Mihama tidak akan membiarkan Yuuji digunakan untuk kepentingan politik, dan tokoh baru misterius yang muncul di hadapan mereka juga tidak.