Ketika organisme luar angkasa yang dikenal sebagai “Savage” menyerang umat manusia, satu-satunya teknologi yang mampu memerangi musuh adalah senjata yang dikenal sebagai “Seratus.” Seorang yang selamat dari serangan Savage, Hayato Kisaragi adalah seorang remaja yang membanggakan tingkat kompatibilitas tertinggi dengan teknologi yang disebutkan di atas. dan sebagai hasilnya, diundang untuk menguasai keterampilannya di Little Garden, akademi militer bergengsi di atas kapal perang.