Juuou Mujin no Fafnir – Midgar, akademi khusus perempuan, akan menjadi terkenal hanya karena aksinya menerima siswa laki-laki pertama dan satu-satunya, Yuu Mononobe. Tapi Midgar menonjol lebih dari itu: ini adalah sekolah eksklusif untuk sekelompok gadis yang dikenal sebagai D. Masing-masing memiliki kemampuan yang sangat kuat dalam menghasilkan materi gelap dan memanipulasinya menjadi persenjataan yang kuat. D tidak ada dua puluh lima tahun yang lalu, dan hanya muncul setelah sejumlah monster misterius yang merusak yang dikenal sebagai “Naga” mulai muncul di sekitar dunia. Anehnya, saat mereka muncul, mereka menghilang. Dalam kebangkitan destruktif mereka, beberapa gadis mulai terlahir dengan simbol di tubuh dan kekuatan mereka yang serupa dengan yang dimiliki oleh Naga itu sendiri. Sekarang para D menghadiri sekolah ini, berharap untuk memanfaatkan dan memanfaatkan kekuatan mereka melawan Naga. Yuu adalah anggota terbaru mereka dan luar biasa karena menjadi satu-satunya pria D yang diketahui. Sekarang dia harus menjalin hubungan dengan gadis-gadis di sekitarnya, termasuk saudara perempuannya yang telah lama berpisah yang juga bersekolah di sekolah, dan bekerja dengan mereka untuk menyelidiki dan menghilangkan ancaman dari Naga yang kuat.