Lord El-Melloi II Sei no Jikenbo: Rail Zeppelin Grace Note – Hakamori to Neko to Majutsushi – Bertahun-tahun setelah Perang Cawan Suci Keempat, Waver Velvet menjadi kepala departemen Teori Sihir Modern di Menara Jam, menggantikan gelar Lord El-Melloi II. Waver dan muridnya, Gray, berangkat untuk menemukan kebenaran di balik bayangan misterius yang mengintai mereka, sementara masalah muncul di antara para penyihir Asosiasi.