Madoka Kaname dan sahabatnya Sayaka Miki adalah siswa sekolah menengah biasa di kota Mitakihara. Tapi suatu hari, mereka bertemu dengan makhluk aneh seperti kucing bernama Kyuubey, yang mengaku bisa mengabulkan satu permintaan. Sebagai gantinya, mereka akan menjadi gadis penyihir dan melawan kejahatan yang dilakukan oleh penyihir. Seorang gadis penyihir veteran di daerah itu, Mami Tomoe, memutuskan untuk menunjukkan kepada mereka cara berburu penyihir, sementara murid pindahan misterius Homura Akemi memperingatkan mereka untuk tidak menerima kesepakatan Kyuubey, meskipun dia menolak untuk mengatakan mengapa. Namun, setelah menyaksikan kenyataan brutal dari melawan penyihir, gadis-gadis memutuskan mungkin lebih aman untuk menolak tawaran Kyuubey. Tetapi ketika seorang gadis penyihir lain tiba di kota dan Sayaka memutuskan untuk membuat keinginan untuk membantu orang yang dia cintai, hal-hal dengan cepat meningkat ketika mereka dihadapkan dengan kebenaran yang keras di balik kekuatan mereka dan harga tertinggi dari keinginan mereka. [Ditulis oleh Animasu Menulis ulang ]