Meskipun keinginan Sayaka Miki terpenuhi, konsekuensi tak terduga yang menyertainya membanjiri dirinya, menyebabkan permata jiwanya ternoda saat dia menyerah pada keputusasaan dan akhirnya kehilangan kemanusiaannya. Homura Akemi mengungkapkan kepada Kyouko Sakura dan Madoka Kaname nasib utama para gadis penyihir: begitu permata jiwa mereka ternoda, itu berubah menjadi Benih Kesedihan, dan mereka terlahir kembali sebagai penyihir — suatu kebenaran yang Homura pelajari hanya melalui pengulangan sejarah berkali-kali dalam sebuah tawaran untuk mencegah tragedi Madoka. Kyubey hanya menambah keputusasaan mereka ketika dia mengakui niat sejatinya: untuk memanfaatkan energi yang diciptakan oleh gadis-gadis ajaib dan menggunakannya untuk memperpanjang kehidupan alam semesta. Sebagai ancaman Walpurgisnacht, seorang penyihir yang kuat, tampak di atas kepala, Homura sekali lagi bersumpah untuk melindungi Madoka dan dunia dari nasib suram. Terperangkap antara menghormati keinginan Homura dan menyelamatkan dunia, yang mana yang akan dipilih Madoka pada akhirnya? Mahou Shoujo Madoka ★ Magica Movie 2: Eien no Monogatari adalah kisah tentang takdir yang tak terhindarkan, dan pahlawan yang tidak mungkin yang bisa mengubah semuanya. [Ditulis oleh Animasu Menulis Ulang]