Pada tahun Cosmic Era 0071, koloni antariksa Heliopolis tetap netral dalam perang besar yang mengamuk di seluruh galaksi antara Koordinator, manusia yang sifat biologisnya telah berubah sebelum kelahiran, dan Naturals, orang tak berubah yang tetap berada di planet Bumi. Kebencian yang mendalam terhadap alam para Koordinator mendorong makhluk-makhluk maju ke luar angkasa, mencari perlindungan di koloni-koloni buatan manusia.Kira Yamato adalah seorang koordinator dan mahasiswa di Heliopolis, ketika hidupnya dilemparkan ke dalam kekacauan ketika ZAFT, organisasi militer yang terdiri dari para pemberontak. Koordinator, menyerang koloni itu dalam upaya mencuri satu set lima mobile suit canggih yang dikenal sebagai Gundams. Ketika ZAFT berhasil kabur dengan empat suit mobile, Kira mengambil kendali atas Gundam terakhir, yang Menyerang. Bertahan dari pertempuran, Kira dan teman-teman kampusnya bergabung dengan awak Malaikat Tertinggi, sebuah kapal yang dijalankan oleh Aliansi Bumi, dan para prajurit muda mengalami kengerian perang dan kehilangan yang menyertainya. [Ditulis oleh Animasu Menulis Ulang]