Natsu-iro Kiseki – Yuka, Rinko, Saki, dan Natsumi adalah teman masa kecil dan teman sekelas yang mendekati akhir tahun kedua sekolah menengah mereka dan sangat menantikan liburan musim panas mereka. Sayangnya, ini adalah waktu yang pahit untuk kelompok dekat ini, karena Saki pindah ke sekolah lain. Gadis-gadis itu bertekad untuk menjaga semangat persahabatan mereka tetap hidup, meskipun hanya untuk musim panas ini. Mereka mengenang sebuah batu besar yang mereka berempat pernah kunjungi, tersimpan di kuil Shinto tua, dan keyakinan bahwa jika empat teman berkumpul di sekitarnya dan membuat satu permintaan, itu akan menjadi kenyataan. Sekarang, mereka sangat terkejut, mereka menemukan bahwa cerita rakyat kuno itu benar. Natsu-iro Kiseki mengikuti peristiwa magis yang dialami gadis-gadis itu selama musim panas lalu yang akan mereka habiskan bersama. Saat persahabatan diuji, dan fantasi terpenuhi, keempat teman sekelas akhirnya akan belajar banyak tentang diri mereka sendiri dan satu sama lain dalam perjalanan menuju musim panas yang tidak akan pernah mereka lupakan.