Pada tengah malam, Jam Gelap muncul — jam rahasia yang tidak disadari oleh kebanyakan orang. Mereka yang tidak terperangkap dalam peti mati selama waktu ini, cukup disayangkan untuk menemukan diri mereka sadar, bertemu dengan makhluk berbahaya yang dikenal sebagai Bayangan. Namun, beberapa orang tertentu memiliki potensi untuk menggunakan Persona: kekuatan khusus yang digunakan untuk mengalahkan makhluk-makhluk ini. Kelompok rahasia ini disebut SEES (Skuad Eksekusi Ekstrakurikuler Khusus), dan misi mereka adalah untuk mengungkap alasan di balik penampilan Jam Gelap. Hanya beberapa saat setelah siswa pindahan, Makoto Yuuki memulai residensinya di Asrama Iwatodai, Persona-nya terbangun setelah serangan oleh Bayangan yang kuat. Sekarang direkrut ke dalam jajaran SEES, ia mulai bertarung bersama rekan-rekannya, karena hanya mereka yang dapat melindungi manusia dari Shadows dan mencegah anomali yang merupakan Jam Gelap. [Ditulis oleh Animasu Menulis Ulang]