Cross Academy adalah sekolah asrama elit dengan dua kelas terpisah, terisolasi: Kelas Siang dan Kelas Malam. Di permukaan, Yuuki Cross dan Zero Kiryuu adalah prefek akademi, dan berusaha menjaga ketertiban di antara para siswa ketika kelas-kelas berputar di malam hari. Karena Kelas Malam penuh dengan elit yang sangat cantik, ini kadang-kadang terbukti agak sulit. Ini benar-benar diperlukan, karena “elit” itu sebenarnya adalah vampir. Yuuki dan Zero bertindak sebagai wali, melindungi rahasia Kelas Malam dan keselamatan rekan-rekan mereka di pagi hari yang bodoh.